FenrirFS

なかなかイイですよ、コレ。ファイルを移動したくなければ環境設定からエイリアスモードにすればファイル自体は移動されません。また、エクスプローラーにオンラインストレージの同期フォルダがあればそれと関連付けてプロファイルを作成することも出来ます。
まだ使いこなせてはいませんが、 Fenrirはいい仕事してくれてます。

評価の難しいファイラーです。X-Finder使ってる自分とは肌が合わなかったですね。とりあえず、エイリアスモードで使うことをおすすめします。実ファイルごとFenrirFSに入れると、他のソフトからファイルを開くときに面倒です。
使い方としてはまずファイルを登録するのですが、これが結構面倒臭い。またその後ラベルを付けるのですが、これもまたメンドクサイ。しかし一度ラベルを付けてしまえばそこそこ快適です。またスターを付けるとか、iTunesのアレっぽいスマートフォルダ機能があったりとかで、とにかく「任意のファイルへの素早いアクセス」に徹底的にこだわっているのが分かります。が、FenrirFSは大量のファイルを管理するには下準備がメンドクサすぎです。結局はふぇさんの仰るように、限られたファイルの管理に終始するでしょう。そうなると、ラベル管理の必要性は…?

現在開発中のSleipnir3と連携させ、お気に入りもFenrirFSでラベル付けて管理できるようになるみたいです。でもそれってFenrirFSを入れなきゃいけないということで、自分の中に少し反発心が芽生えるのも確かです。

【マイナス】
登録するファイルが一つのフォルダに集約される。
既存のファイルを登録する場合が面倒。
詳細に分類しようとしたらラベルの数がかなり多くなってしまい分かりにくい。
表に出したくないラベルもデフォルトでは表示される。

【プラス】
複数のラベルを付けることが出来る。
検索するのは早い。
USBメモリなどで持ち運ぶことが出来る。
自動リスト機能は使い勝手がいいこともある。

すべてのファイルを管理するのではなく、自分がよく使うもの・分類が被るものなどに限って使用するのがベストだと思う。